Le Conseil d’Administration est composé :  

1. du Recteur de l’Université Nationale du Rwanda, Président ;
2. du Secrétaire Général du Ministère de la Santé, Vice-Président ;
3. du Secrétaire Général du Ministère de l'Education, Sciences et Technologies, Secrétaire ;
4. du Doyen de la Faculté de Médecine à l’Université Nationale du Rwanda ;
5. du Directeur de chaque hôpital du « C.H.U ».
6. du Représentant du personnel académique de chaque hôpital du « C.H.U ».

Dans le cadre de l’exécution et du suivi des décisions du Conseil d’Administration, il est institué un Comité de Direction (CODI) composé comme suit :

1. Directeur Général: Président
2. Directeur Médical : Vice-Président
3. Administrateur : Membre
4. Conseiller juridique : Secrétaire du CODI
5. Chef du Service des Ressources Humaines : Membre
6. Représentant du Corps médical : Membre
7. Chef du Nursing : Membre